Holger Kristen wuchs im Waldviertel auf und sammelte bereits als Neunjähriger erste Chorerfahrungen im Ensemble seines Vaters. Daneben erhielt er Klavier- und Trompetenunterricht sowie Gesangsunterricht am Diözesankonservatorium in Wien.
2002 begann er ein Studium für Gesangspädagogik mit Schwerpunkt Dirigieren bei den Professoren Thunhart und Glassner an der Universität für Musik und darstellende Kunst in Wien. Im März 2007 schloss Holger Kristen das Bakkelaureatsstudium mit ausgezeichnetem Erfolg ab.
2004 erfolgte die Gründung des "coro.con.brio", den er innerhalb weniger Jahre zu einem ausgezeichneten Amateurchor formte. Zahlreiche Konzerteinladungen, z. B. zum renommierten Orgelfest Zwettl, zeugen vom hohen Niveau des Ensembles.
Ab Herbst 2006 studierte er zusätzlich Orchesterdirigieren in der Klasse von Prof. Georg Mark an der Konservatorium-Wien-Privatuniversität. Im Rahmen seines Diplomkonzerts debütierte er 2010 am Pult der Bratislava Sinfoniker mit der Ouvertüre zur Operette "Die Fledermaus" von Johann Strauß Sohn und dem 1. Satz aus dem Violinkonzert von Johannes Brahms mit Alexandra Soumm als Solistin.
Neben dem Studium besuchte er zahlreiche Chorleitungskurse (u. a. bei Johannes Prinz und Erwin Ortner), sowie Meisterkurse für Chordirigieren bei Frieder Bernius und Daniel Reuss. Weitere wertvolle Erfahrungen sammelte Holger Kristen als Sänger in Ensembles wie dem Arnold Schönberg Chor, dem Wiener Kammerchor, dem Chorus sine nomine und an der Neuen Oper Wien.
Er ist immer wieder als Probenassistent beim Salzburger Bachchor (2006 Mozarts "Idomeneo"; Salzburger Festspiele 2009 mit Händels "Theodora"), beim Wiener Kammerchor (u. a. Choreinstudierung für Konzerte mit Anna Netrebko, Rolando Villazon und Placido Domingo vor dem Schloss Schönbrunn), beim Chorus sine nomine (u. a. 2011 Mendelssohns "Elias") sowie beim Akademischen Orchesterverein Wien tätig.
Im Studienjahr 2011/12 leitete Holger Kristen einen Kurs für Ensembleleitung an der Pädagogischen Hochschule Burgenland.
Mit 1. 3. 2012 wurde Holger Kristen als stellvertretender Chordirektor und Bühnenkapellmeister an die Volksoper Wien berufen.
Seit dem Wintersemester 2021 Lehrtätigkeit an der Universität für Musik und darstellende Kunst in Wien in den Fächern Chor- und Ensembleleitung, Opernchor und Vokalpraxis.